- Kep Men LH No. 45 Tahun 1996 tentang Program Pantai Lestari
- Kep Men LH No. 04 Tahun 2001 tentang Kriteria Baku Kerusakan Terumbu Karang
- Kep Bapedal No. 47 Tahun 2001 tentang Pedoman Pengukuran Kondisi Terumbu Karang
- Kep Men LH No. 51 Tahun 2004 tentang Baku Mutu Air Laut
- Kep Men LH No. 179 Tahun 2004 tentang Ralat atas Kep Men LH No. 51 Tahun 2004 tentang Baku Mutu Air Laut
- Kep Men LH No. 200 Tahun 2004 tentang Kriteria Baru Kerusakan dan Pedoman Penentuan Status Padang Lamun
- Kep Men LH No. 201 Tahun 2004 tentang Kriteria Baku dan Pedoman Penentuan Kerusakan Mangrove
- Per Men LH No. 12 Tahun 2006 tentang Persyaratan dan Tata Cara Perizinan Pembuangan Air Limbah ke Laut